Jakim znakiem nowej linii i czy w ogóle powinny zakończyć się pliki żródłowe napisane w C++?

Plik źródłowy jak najbardziej powinien być skończony ;)

Warto zauważyć, że od C++11 nie jest wymagana pusta linia na końcu pliku źródłowego (C++11, §2.2/1). Zatem nie musi się kończyć znakiem nowej linii w ogóle.
Natomiast w kwestii samych nowych linii - wątpię aby miało jakikolwiek wpływ to, czy będzie z carriage return czy bez. Na Linuxie jest to jeden znak.